Program Doktor merupakan kelanjutan linier Program Sarjana dan Magister yang juga merupakan interaksi beberapa disiplin ilmu yang terbentuk sesuai dengan perkembangan ilmu pengetahuan atau tuntutan kebutuhan serta mencerminkan keahlian khusus yang memberikan sumbangan orisinil kepada bidang ilmunya. Pendidikan doktor dilaksanakan hanya dalam bidang pengembangan ilmu yang mempunyai kelompok keahlian yang aktif sebagai pendukungnya.
Program Studi Doktor Teknik Sipil memiliki enam (6) bidang keahlian, yaitu:

1. Rekayasa Struktur
2. Rekayasa Geoteknik
3. Rekayasa Sumberdaya Air
4. Rekayasa Transportasi
5. Manajemen dan Rekayasa Konstruksi
6. Rekayasa Kelautan.

Dengan demikian, Body of Knowledge (BoK) Program Studi Doktor Teknik Sipil mengakomodasi berbagai disiplin ilmu yang sangat spesifik tergantung kepada bidang keahlian dan topik penelitiannya. Diharapkan BoK pada setiap bidang keahlian dapat memberikan kompetensi umum seorang doktor yang mampu melakukan penelitian secara mandiri, memahami etika dan moral dalam pengembangan ilmu pengetahuan, serta menghasilkan karya ilmiah yang mencerminkan keahlian khusus dan memberikan sumbangan orisinil kepada bidang ilmunya. Selain itu, seorang lulusan program doktor harus mampu melaksanakan pengalihan ilmu kepada masyarakat ilmiah. BoK yang ada pada setiap bidang keahlian dimaksud adalah melingkupi seluruh ilmu yang diperlukan dalam tahapan daur hidup suatu infrastruktur fisik, yaitu ilmu-ilmu terkait dengan perencanaan, perancangan, pelaksanaan konstruksi, serta operasi dan pemeliharaan (O & M).

Secara umum, tantangan yang dihadapi oleh lulusan program studi doktor merupakan tantangan bagi profesi teknik sipil. Namun demikian, terdapat tantangan tambahan berupa kemampuan lulusan program studi doktor teknik sipil yang lebih mendalam kompetensinya pada bidang keahlian tertentu yang dipilihnya dan dapat melaksanakan penelitian dalam bidang tersebut lebih baik secara mandiri dan berkontribusi kepada pengembangan ilmu pengetahuan yang terkait.
Berdasarkan visi Teknik Sipil 2025 dari American Society of Civil Engineers (ASCE, 2007), maka profesi teknik sipil pada masa yang akan datang harus dapat mengakomodasi kebutuhan akan isu globalisasi, keberlanjutan, teknologi terkini, dan peningkatan kompleksitas permasalahan yang harus dihadapi, dengan tetap memperhatikan keselamatan, kesehatan dan kesejahteraan publik. Kebutuhan akan lulusan doktor teknik sipil untuk berkontribusi pada bidang teknik sipil masih tinggi dengan masih dibutuhkannya kegiatan pengembangan dan penelitian di bidang terknik sipil, terutama yang terkait dengan permasalahan nasional dalam rangka pembangunan infrastruktur untuk peningkatan perekonomian dan kesejahteraan masyarakat. Selain itu, karena wilayah Indonesia yang rentan terhadap bencana gempa, maka kebutuhan akan lulusan prodi doktor teknik sipil yang mampu melakukan penelitian terkait tahapan perencanaan, perancangan, dan pengelolaan infrastruktur yang tahan terhadap gempa sangat relevan.